Den Evangelisk Lutherske Frikirke ble dannet i 1877. Menigheten i Fredrikstad regner sin opprinnelse fra 1883.

I begynnelsen leide man lokaler i Nygaardsgaten 45 for virksomheten. I 1886 vedtok man imidlertid å bygge kirke. Flokken var da på 12 personer, og man hadde en startkapital på 20 kroner. Grunnsteinen til kirken ble lagt ned 13. juni 1887, og kirken vigslet 19. februar 1888. Den kostet fullt ferdig 5.000 kroner. Siden har kirken ligget på samme sted i Apenesgt. 7, midt i sentrum av Fredrikstad. Den gamle kirken ble modernisert og utvidet flere ganger, bl. a. i 1956 og 1973. Til slutt ble den revet fordi den ble for liten og uhensiktsmessig. Den nye kirken sto ferdig på samme sted i 1988.

Gjennom historien har menigheten hatt en rekke ulike virkegrener, og drevet arbeid flere steder i området rundt Fredrikstad. Blant annet ble det drevet barnearbeid og søndagsskolevirksomhet i en årrekke på Gressvik og på Kråkerøy.

Følgende har stått som menighetens pastorer: Bernhard Johnsen (1888-89), A. O. Fagernes (1890-1913), Erik Ambjør (1913 – 1923), Olaf Vatne (1925-34), K. A. Andersen (1935-37), M. A. Dørumsgaard (1937-47), Oskar Lervik (1947-54), Einar Smedsrud (1954-62), Ansgar Mørland (1963-68), Lars Sandvand (1969-76), Leif Nilsen (1977-82), Helge Gustavsen (1982-94), Leif Inge Jensen (1995-97), Eivind Bergem (1998-2019), Yngvar Nilsen (2005-2006) og Per Eriksen (2006-)